Po raz pierwszy połączono także wydajny i ekologiczny równoległy system hybrydowy z precyzyjną, manualną skrzynią biegów o 6 przełożeniach, która zapewnia kierowcy dużą przyjemność z jazdy i pozwala na pełne zaangażowanie się w prowadzenie pojazdu. Duża elastyczność równoległego systemu hybrydowego Hondy pozwala na łączenie go z różnymi skrzyniami biegów, a nie tylko z przekładniami typu CVT.

Manualna skrzynia biegów współpracuje z debiutującym w Europie, 1.5-litrowym, czterocylindrowym silnikiem benzynowym i-VTEC, który w dużym stopniu zdecydował o charakterze modelu CR-Z. Ta mocna, a jednocześnie wydajna jednostka powstała na bazie silnika montowanego w niektórych pozaeuropejskich wersjach Hondy Jazz. Motor o średniej pojemności skokowej chętnie „wchodzi na obroty” i zapewnia doskonałe osiągi dzięki dodatkowym 78 Nm momentu obrotowego, dostarczanym przez silnik elektryczny o mocy 14 KM, umieszczony pomiędzy jednostką spalinową a skrzynią biegów. Jednostka elektryczna zwiększa wartość momentu obrotowego w niskim i średnim zakresie prędkości obrotowych, dzięki czemu model CR-Z odznacza się doskonałą elastycznością, typową dla pojazdów z silnikami turbodoładowanymi.